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La Risposta n. 447/2019 dell'Agenzia delle entrate, con riferimento ad una complessa operazione immobiliare tra un Comune ed una propria partecipata (avente ad oggetto la risoluzione anticipata e consensuale del diritto di superficie costituito a favore della Società per la gestione a titolo oneroso degli immobili, di proprietà del Comune, strumentali all'esercizio dell'attività di gestione dei mercati, con acquisizione da parte del Comune di alcuni fabbricati della Società allo scopo esclusivo di regolare il debito verso lo stesso ed il conferimento da parte del Comune alla Società del compendio di aree e fabbricati inerenti tutti i mercati all'ingrosso con contestuale emissioni di azioni), avalla l'impostazione adottata dall'Ente con riferimento, in particolare, all'assoggettamento ad IVA dell'intera operazione.
In particolare, l'Agenzia conferma la soggettività passiva del Comune in quanto: "l'attività posta in essere dal Comune rientra nella generale attività di gestione del proprio patrimonio immobiliare tra cui la gestione dei mercati pubblici, rilevante ai fini IVA poiché integra i criteri, relativamente al concetto di organizzazione d'impresa, propri di un'attività economica. Ed infatti, nell'ambito della gestione dei mercati pubblici, i rapporti tra il Comune e la Società sono regolati dalla convenzione stipulata nel ... con la quale si è provveduto alla concessione del diritto di superficie delle aree e dei fabbricati su cui insistono i mercati all'ingrosso orto-frutticolo, avicunicolo, ittico, delle carni e del mercato bestiame e il pubblico macello". I rapporti sono stati regolati su base convenzionale e quindi " Sulla base di tali circostanze, appare corretta la tesi del Comune di escludere che l'esercizio dell'attività in oggetto avvenga in qualità di pubblica autorità anche in considerazione che la regolazione dell'assetto delle posizioni giuridiche viene disciplinato su base pattizia secondo le regole proprie degli operatori economici privati".
Sussistendo il presupposto soggettivo "il compenso posto a carico della Società per la risoluzione anticipata consensuale della convenzione costitutiva del diritto di superficie, rappresenta un corrispettivo a rilevante ai fini IVA", ai sensi del citato articolo 2 del d.P.R. n. 633/1972. "Esso infatti è relativo a beni oggettivamente strumentali ad un'attività commerciale, che si prestano ad uno sfruttamento economico da parte del Comune che li utilizza, cedendoli, al fine di realizzare introiti di una certa stabilità e rilevanza." 
Dal punto di vista della tassazione ai fini dell'imposta di registro, però, la costituzione di un diritto di superficie costituisce una cessione di beni soggetta ad IVA. Di conseguenza, in virtù del principio di alternatività Iva-registro di cui all'art. 40 del TUR, l'Amministrazione ritiene che tale operazione sia soggetta ad imposta di registro in misura fissa, e non nella misura dell'1% come prospettato dall'ente, assimilandolo alla locazione di immobile strumentale.
Per quanto riguarda invece il conferimento, si tratta di beni immobili strumentali all'esercizio dell'attività di gestione dei mercati generali che non rappresentano un'azienda o un ramo di essa. Pertanto, l'operazione di conferimento descritta configura una cessione di beni, ai sensi del predetto articolo 2, comma 3, del d.P.R. n. 633 del 1972, da assoggettare ad IVA secondo il regime e l'aliquota propria del bene trasferito, potendosi così optare per l'imponibilità, in luogo dell'esenzione, ai sensi dell'art. 10 n. 8ter del DPR 633/1972.
Per quanto concerne l'eventuale applicazione di altri tributi indiretti, l'Agenzia, come l'ente istante, ritiene applicabile l'art. 118 del decreto legislativo 18 agosto 2000, n. 267, che dispone "i trasferimenti di beni mobili ed immobili effettuati dai comuni, dalle province e dai consorzi tra tali enti a favore di aziende speciali o di società di capitali di cui al comma 13 dell'articolo 113 sono esenti, senza limiti di valore, dalle imposte di bollo, di registro, di incremento di valore, ipotecarie, catastali e da ogni altra imposta, spesa, tassa o diritto di qualsiasi specie o natura (...)". Il predetto articolo 113, comma 13, dispone , tra l'altro, che "gli enti locali, anche in forma associata, nei casi in cui non sia vietato dalle normative di settore, possono conferire la proprietà delle reti, degli impianti e delle altre dotazioni patrimoniali a società a capitale interamente pubblico, che è incedibile (...)". L'Amministrazione conferma quindi che il Comune potrà beneficiare dell'esenzione dall'imposta di registro, dall'imposta ipotecaria e catastale. Su questo aspetto, però, si hanno delle perplessità per l'abrogazione, da parte dell'art. 10 c. 4 del D.Lgs. 23/2011 ed in relazione ai trasferimenti a titolo oneroso "di tutte le esenzioni e le agevolazioni tributarie, anche se previste in leggi speciali ad eccezione (...) delle esenzioni e delle agevolazioni tributarie riferite agli atti di cui ai commi 1 e 2 aventi ad oggetto immobili pubblici interessati da operazioni di permuta, dalle procedure di cui agli articoli 2, 3, 3-ter e 4 del decreto-legge 25 settembre 2001, n. 351, convertito, con modificazioni, dalla legge 23 novembre 2001, n. 410, e successive modificazioni, all'articolo 11-quinquies del decreto-legge 30 settembre 2005, n. 203, convertito, con modificazioni, dalla legge 2 dicembre 2005, n. 248, e successive modificazioni, e agli articoli 33 e 33-bis del decreto-legge 6 luglio 2011, n. 98, convertito, con modificazioni, dalla legge 15 luglio 2011, n. 111, e successive modificazioni, e all'articolo 32 del decreto del Presidente della Repubblica 29 settembre 1973, n. 601, e delle disposizioni di cui all'articolo 9, secondo comma, del decreto del Presidente della Repubblica 29 settembre 1973, n. 601". Tra queste, sono presenti diverse disposizioni che agevolavano il trasferimento di immobili dai Comuni alle Società. La Risposta in commento (ri) aprirebbe, quindi, la possibilità di usufruire dell'agevolazione anche in caso di conferimento ad aziende speciali e società, seppur i presupposti degli artt. 113 e 118 attengano ad operazioni di riorganizzazione dei pubblici locali, in un contesto nel quale l'art. 113 risulta, peraltro, abrogato a seguito del referendum del 2011.